Задержавший Джакишева и еще нескольких руководителей "Казатомпрома" Комитет национальной безопасности (КНБ) несколько дней упорно отрицал факт их ареста. А когда признался в этом, то тут же под предлогом секретности данного дела запретил встречу с задержанными топ-менеджерами их адвокатам и родственникам. Во-вторых, задержание четверых из шести первых руководителей национальной атомной компании поставило под вопрос заключение сразу нескольких серьезных международных контрактов, пишет Deutsche Welle.
Силовые структуры стараются убедить население республики в том, что Мухтара Джакишева, Аскара Касабекова, Малхаза Цоцорию и Дмитрия Парфенова подозревают в неких многомиллионных хищениях государственных средств и продаже урановых рудников подставным иностранным компаниям через оффшорные зоны, но настроение в обществе иное. Наверное, впервые в истории суверенного Казахстана в защиту задержанных руководителей "Казатомпрома" вместе с оппозиционными партиями выступили и крупнейшие бизнесмены страны, и профсоюз национальной компании, и рядовые работники атомной промышленности Казахстана. Дело в том, что активы "Казатомпрома" относятся к стратегически важной сфере экономики страны, где без соответствующего постановления правительства даже решения не принимаются, отмечает лидер оппозиционной партии "Азат" Булат Абилов:  "Казатомпром" является на 100% государственной компанией. Владельцем всех акций является правительство в лице министерства энергетики и минеральных ресурсов. Это абсолютная аксиома, против которой невозможно пойти. Это не частная лавочка, не частная компания, где Джакишев Мухтар может направо и налево раздавать урановые месторождения". По словам Абилова, "то, что сегодня говорит КНБ, - это не точно".
Среди заслуживающих внимание версий можно выделить предположение о том, что Мухтар Джакишев стал своего рода заложником в переговорном процессе между официальной Астаной и экс-руководителем "БТА банка" Мухтаром Аблязовым, с которым он дружил со студенческих лет. А также версию о давлении со стороны России, которая в результате успешной деятельности "Казатомпрома" уже было упустила крупный контракт с КНР по созданию совместного предприятия по строительству в Китае целой сети атомных электростанций.